Per tutto il periodo del Medioevo la realtà di Oggiono rimase legata alle fortune e alle vicissitudini del Ducato di Milano. Grazie alla presenza di molti torrenti cominciò a svilupparsi la lavorazione dei metalli e della seta. Nel 1629 invece il paese fu colpito dalla peste e rimane a testimonianza la Chiesa del Lazzaretto (1715).